АНАЛОГОВОЕ ПРЕДСТАВЛЕНИЕ ЭЛЕМЕНТАРНЫХ ЗВЕНЬЕВ ДНК

Авторы
Файлы

Тверетин А.А. Подолян В.М. Статья в формате PDF 101 KB

Четыре органические молекулы (нуклеотиды) - аденин (А), гуанин (G), цитозин (C) и тимин/урацил (T/U) являются алфавитом, с помощью которого осуществляется кодирование всей генетической информации. Известно, что генетический код избыточен, при этом, 61 триплет кодирует только 20 аминокислот (еще 3 триплета являются старт- и стоп-кодонами: Ochre, Amber, Opal).

Формальное представление AGTC-элементов и связей между двумя элементами комплементарного и последовательного хаpaктера ранжируется с учётом некоторых критериев. В связи с тем, что модель биологической структуры должна наиболее достоверно отражать её информационную сущность, желательно, чтобы критерий был не один, а физическая природа критериев не должна быть одинаковой. Ниже в качестве таковых используются особенности физического хаpaктера.

Все 64 триплета представлены в виде массивов VF[3,1], элементами которых являются весовые эквиваленты сочетаний нуклеотидов вида X₁X₂, которые зависят от таких физических параметров, как молекулярная масса и сила водородных связей между комплементарными нуклеотидами. Альтернативным путем является представление каждого нуклеотида в виде символов четырехзначного счисления, упорядоченных по убыванию их молекулярной массы.

Представив последовательность трех значений массивов в виде кривой, можно описать ее с помощью некоторой функции Fx1x2x3, где х1х2х3 - последовательность нуклеотидов в триплете, i=1..3.

Функции триплетов были получены в программе MathCAD 9. В данной программе реализована возможность выполнения линейной регрессии общего вида. При ней заданная совокупность точек приближается функцией вида F(x,К1,К2,.., Kn)= K1F1(x)+K2F2(x)+...+КnFn(x). Таким образом, функция регрессии является линейной комбинацией функций F1(x),F2(x),..,Fn(x), причем сами эти функции могут быть нелинейными, что резко расширяет возможности такой аппроксимации и распространяет ее на нелинейные функции. Для реализации линейной регрессии общего вида используется функция linfit(VX,VY,F). Эта функция возвращает массив коэффициентов линейной регрессии общего вида К, при котором среднеквадратичная погрешность приближения облака исходных точек, если их координаты хранятся в векторах VX и VY, оказывается минимальной. Массив F должен содержать базисные функции F1(x), F2(x), , Fn(x), записанные в символьном виде, причем количество элементов массива F должно быть меньше чем количество элементов массивов VX и VY .

Для оценки точности аппроксимации использована нуклеотидная последовательность длиной 150 нуклеотидов или 50 триплетов 5´-концевого сегмента 16S-pPHK E.coli. Подсчитано, что точность аппроксимации составила 5,3%.

Применение числовых эквивалентов позволило представить маски аминокислот в виде функций с небольшой погрешностью. Это создает предпосылки для дальнейшего укрупнения элементарных нуклеотидных последовательностей, и формирования базы данных образов по их функциональной принадлежности.

МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЕ И СТРУКТУРНЫЕ ОСНОВЫ АУДИОГЕННОЙ ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТИ КРЫС С АБСАНСНОЙ ЭПИЛЕПСИЕЙ

В работе на созданных молекулярно-генетических моделях выявлена ассоциация генотипа А2/А2 локуса TAG 1A гена рецептора дофамина второго типа крыс с повышенной аудиогенной чувствительностью и увеличением удельной площади базолатеральной группировки миндалевидного комплекса по сравнению с крысами А1/А1. ...

03 05 2024 12:41:23

БИОЛОГИЧЕСКИ АКТИВНАЯ ДОБАВКА К ПИЩЕ «ВИТЭН» КАК ЭФФЕКТИВНОЕ СРЕДСТВО УКРЕПЛЕНИЯ ОРГАНИЗМА В ЭКСТРЕМАЛЬНЫХ УСЛОВИЯХ

Статья в формате PDF 112 KB...

02 05 2024 13:27:56

Особенности передачи лингвистических средств языкового воздействия при переводе рекламных текстов

Статья в формате PDF 289 KB...

01 05 2024 21:23:43

ВЗАИМООТНОШЕНИЕ ДВИГАТЕЛЬНОЙ АКТИВНОСТИ ЧЕЛОВЕКА И НЕБЛАГОПРИЯТНОЙ ЭКОЛОГИИ В УСЛОВИЯХ ПРОМЫШЛЕННОГО ЦЕНТРА

Статья в формате PDF 113 KB...

30 04 2024 7:43:16

ПЯТИЗВЕННЫЙ РЕДУКТОР ПОВОРОТНОГО ДВИЖЕНИЯ

Статья в формате PDF 303 KB...

29 04 2024 1:52:32

РЕАЛИЗАЦИЯ ПРИНЦИПА ПРЕЕМСТВЕННОСТИ ПРИ ИЗУЧЕНИИ ХИМИЧЕСКИХ ДИСЦИПЛИН ДЛЯ ПОВЫШЕНИЯ КАЧЕСТВА ХИМИЧЕСКОГО ОБРАЗОВАНИЯ В СИСТЕМЕ МЕДИЦИНСКОГО

Статья в формате PDF 215 KB...

28 04 2024 14:50:17

ОХРАНА НАСЕКОМЫХ НА ТЕРРИТОРИИ ВОЛОГОДСКОЙ ОБЛАСТИ

Статья в формате PDF 253 KB...

27 04 2024 14:11:57

АНТИОКСИДАНТНЫЙ СТАТУС БОЛЬНЫХ ЛИМФОМОЙ ХОДЖКИНА В ПЕРИОД РЕАБИЛИТАЦИИ ПОСЛЕ ВЫСОКОДОЗНОЙ ПОЛИХИМИОТЕРАПИИ С ТРАНСПЛАНТАЦИЕЙ КЛЕТОК–ПРЕДШЕСТВЕННИКОВ ГЕМОПОЭЗА

Статья в формате PDF 116 KB...

26 04 2024 16:13:49

ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ЛИМОННОГО СОКА ПРИ ПРОИЗВОДСТВЕ ЖЕЛЕ ИЗ МОЛОЧНОЙ СЫВОРОТКИ

Статья в формате PDF 395 KB...

25 04 2024 3:21:31

ПСИХОЛОГИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ ПОДРОСТКОВ В ЗАВИСИМОСТИ ОТ РАЗМЕРА СЕМЬИ

Статья в формате PDF 268 KB...

24 04 2024 5:50:30

Морфология слизистой оболочки полости рта при желудочно-кишечных заболеваниях

Статья в формате PDF 111 KB...

23 04 2024 13:29:22

ХИРУРГИЧЕСКАЯ РЕАБИЛИТАЦИЯ БОЛЬНЫХ С КОСТНО-СУСТАВНОЙ ПАТОЛОГИЕЙ ПАЛЬЦЕВ И КИСТИ

Статья в формате PDF 99 KB...

22 04 2024 11:39:30

Tрaнcформация наземных экосистем в результате воздействия алмaзoдобывающей промышленности

Проведены исследования наземных экосистем: почва, растительность, население млекопитающих, в зоне воздействия двух типичных алмaзoдобывающих предприятий, расположенных в среднетаежной и северотаежной подзонах. По интенсивности воздействия территория дифференцируется на микро, мезо и макроантропогенные участки. Показано, что любые уровни воздействия приводят к трaнcформациям окружающей среды. Наиболее глубокие трaнcформации выявлены на макроантропогенных участках, восстановление природной среды на таких участках в обозримое время невозможно. ...

21 04 2024 16:48:19

ПОЛЯРНОЕ ЗЕМЛЕДЕЛИЕ КАК НАУЧНЫЙ ПРОДУКТ ХХ СТОЛЕТИЯ (НА ПРИМЕРЕ РАЗВИТИЯ ОВОЩЕВОДСТВА ЗАЩИЩЕННОГО ГРУНТА)

Представленный материал является предварительной попыткой изучить направления работы, результаты исследований и определить их значение для развития современных агротехнологий в экстремальных климатических условиях, а также конкретный вклад специалистов и ученых полярников в развитие полярного овощеводства в истекшем столетии. Архивные материала, включающие некогда засекреченные отчеты с.-х. опытных станций и опopных пунктов академических структур, Главсевморпути и МТБ содержит значительный и не потерявший своей актуальности научно-исследовательский материал, накопленный специалистами и учеными предыдущих поколений, но элиминированный из памяти социальной истории отечественной науки и техники. Исследование и осмысление этих материалов будет способствовать развитию современного научного овощеводства. ...